Kun vahinkoilmoitus saapuu vakuutusyhtiöön, se rekisteröidään ja sille annetaan käsittelynumero. Vahinkoilmoituksessa annettujen tietojen ja siinä annetun valtuutuksen perusteella vakuutusyhtiö pyytää hoitolaitoksilta vahinkoasian käsittelyssä tarvitsemansa tiedot.
Kun tiedot hoitolaitoksilta on saatu, selvitetään, onko kyseessä vakuutusehdoissa tarkoitettu lääkevahinko. Keskeistä selvittämisessä on se, voivatko ilmoittajan oireet todennäköisesti johtua lääkkeen käyttämisestä. Ensin korvauskäsittelijä tutkii asian ja sen jälkeen yhtiön asiantuntijalääkäri antaa tapauksesta lausuntonsa.
Kun tapaus on käsitelty, siitä laaditaan kirjallinen päätös. Päätökseen liitetään aina ohjeet siitä, miten päätökseen voi hakea muutosta.
Kaikki asiat käsitellään yhtiössä luottamuksellisesti ja vahinkotapauksia koskevia tietoja voivat käsitellä yhtiössä vain ne henkilöt, joiden tehtävänä on korvausasioiden käsittely. Kaikkia vakuutusyhtiössä työskenteleviä sitoo ehdoton salassapitovelvollisuus, josta on säädetty vakuutusyhtiölaissa.